Lietuviškoji Riešės pagrindinė mokykla atidaryta 1992 metų rugpjūčio 29 dieną. Naujoji mokykla įsikūrė vaikų darželyje. Pirmasis mokyklos direktorius buvo Stepas Barevičius. Tuomet mokykloje mokėsi 66 mokiniai, dirbo 15 mokytojų.
1994-1995 m.m. Riešės pagrindinė mokykla tapo Riešės vidurine mokykla, o jai vadovauti pradėjo Stasė Civinskienė. Mokinių jau buvo daugiau – 121, juos mokė 17 mokytojų. 1995 m. birželio mėnesį Riešės vidurinės mokyklos baigimo atestatai buvo įteikti 1-ąjai abiturientų laidai.
Kasmet vis daugiau mokinių rinkosi šią mokyklą ir jubiliejinius 5-uosius savo gyvavimo metus mokykla pasitiko turėdama 154 mokinius ir 23 mokytojus. 1997 m. pradinių klasių mokiniai mokslo metus pradėjo dar nebaigtame statyti naujame mokyklos pastate. 1998 m. gegužės mėnesį statybos baigtos ir iškilmingai atidaryta naujoji Riešės vidurinė mokykla.
2005 metų gruodžio 16 dieną vyko iškilmingos trečiojo aukšto dalies atidarymas.
2009 m. vasario 19 d. Riešės vidurinė mokykla tapo Riešės gimnazija. Gimnazijoje įsteigti socialinio pedagogo, specialiojo pedagogo, logopedo, psichologo etatai.
Nuo 2010 m. lapkričio 23 d. iki 2022 m. vasario mėnesio Riešės gimnazijai vadovavo direktorė Lina Miliuvienė.
2012 m. rugsėjo 1 d. atidarytas Riešės gimnazijos Bukiškio priešmokyklinio ugdymo skyrius, kuris įsikūrė Bukiškio žemės ūkio mokyklos patalpose (Mokyklos g. 1, Bukiškis, Avižienių sen., Vilniaus r.). Nuo 2013 m. sausio 2 d. šiame skyriuje veikė mišraus amžiaus (3-6 metų) vaikų priešmokyklinio ugdymo grupė. Nuo 2013 m. rugsėjo 1 d. Bukiškio priešmokyklinio ugdymo skyrius perorganizuotas į Bukiškio pradinio ugdymo skyrių, kuriame vykdomos ikimokyklinio ugdymo, priešmokyklinio ugdymo ir pradinio ugdymo programos. Nuo 2016 m. rugpjūčio 24 d. Riešės gimnazijos pavaldume įsteigtas Avižienių ikimokyklinio ugdymo skyrius, kuriame ugdomi 2-5 metų amžiaus vaikai.
Nuo 2017 m. rugsėjo 1 d. Bukiškio pradinio ugdymo skyrius perorganizuotas į Bukiškio progimnazijos skyrių, kuriame vykdomos ikimokyklinio ugdymo, priešmokyklinio ugdymo, pradinio ugdymo ir pagrindinio ugdymo pirmos dalies programos.
Nuo 2022 m. birželio 27 d. Riešės gimnazijai vadovauja direktorė Egidija Urbanavičienė.
Stiprinant ugdymo kokybę Riešės gimnazija, priklausanti Lietuvos Respublikos švietimo, mokslo ir sporto ministerijai, nuo 2022 m. rugsėjo 1 d. išskaidyta į dvi atskiras ir savarankiškas mokyklas lietuvių mokomąja kalba – Riešės gimnaziją ir Bukiškio progimnaziją. Tokiam Švietimo, mokslo ir sporto ministerijos siūlymui pritarė Vyriausybė. Reorganizavimo būdas – biudžetinė įstaiga Riešės gimnazija reorganizuota skaidymo būdu, padalijant ją į dvi biudžetines įstaigas: Riešės gimnaziją ir Bukiškio progimnaziją. Po reorganizavimo veikia dvi atskiros biudžetinės įstaigos:
– Riešės gimnazija, vykdanti ikimokyklinio, priešmokyklinio, pradinio, pagrindinio ir vidurinio ugdymo programas, buveinė – Vilniaus r. sav., Avižienių sen., Riešės k., Beržų g. 2A;
– Bukiškio progimnazija, vykdanti ikimokyklinio, priešmokyklinio, pradinio ir pagrindinio ugdymo pirmos dalies programas, buveinė – Vilniaus r. sav., Avižienių sen., Bukiškio k., Mokyklos g. 1.